Garanțiile se acordă pentru beneficiarii selectați, în baza contractului încheiat între Ministerul Agriculturii și FNGCIMM. Beneficiarii POP pot obține garanții de la FNGCIMM în valoare de maxim 2,5 milioane de euro și de până la 80% din finanţarea acordată, în condiții avantajoase, prin achitarea unei prime de garantare de numai 1%. 
Pentru obținerea acestor garanții, beneficiarul trebuie să depună la banca finanţatoare documentaţia de credit. În situația în care beneficiarul  nu deține suficiente garanţii materiale, banca solicită Fondului emiterea unei garanţii. Fondul, pe baza propriei analize, acordă garanţia și semnează contractul de garantare/scrisoarea de garantare cu banca. După emiterea garanției, banca semnează contractul de credit cu beneficiarul.