În ciuda îmbunătăţirilor din ultimii ani, apele Uniunii Europene nu răspund nivelului calitativ corespunzator.  Poluarea, schimbările intervenite la nivelul apei şi deficitul de apă sunt problemele întâlnite în toată Europa, în vreme ce evenimentele extreme precum inundaţiile s-au amplificat în multe dintre Statele Membre. Legislaţia Europeană în materie de apă trebuie aplicată corespunzator pentru a întâmpina provocările vechi şi noi, cum ar fi poluarea apei, consumul de apă din agricultură sau producerea de energie, exploatarea solului şi impactul schimbărilor climaterice.
”Concluziile Proiectului pentru protejarea resurselor de apă ale Europei arată că înţelegem în profunzime problemele cu care ne confruntăm şi deţinem o platformă solidă care să ne permită gestionarea acestora. Avem nevoie doar de o balanţă sustenabilă între cererea și oferta de apă, luând în calcul oamenii şi mediul natural de care aceştia depind”, spune Janez Potočnik, Comisarul European pe probleme de Mediu.
În cazul României, protejarea resurselor de apă, atât la nivel calitativ cât şi cantitativ, reprezintă un punct critic. Resursele noastre de apă sunt structura de rezistenţă a economiei: între 35 – 40% din energia electrică a ţării provenind din hidrocentralele existente pe Dunăre. Rezervele de apă sunt, de asemenea, importante pentru a susţine agricultura, 30% din terenurile fertile având nevoie de irigare. Mai mul, aceste resurse sunt importante pentru conservarea mediului sălbatic şi a ecosistemului/biodiversităţii.  De exemplu, în Delta Dunării, unde râul se varsă în Marea Neagră există un ecosistem unic în Europa, o zonă protejată şi declarată patrimoniu natural. Resursele de apă au scăzut, multe zone din România confruntându-se cu o reducere a nivelului acestora.
Deşi sunt reduse, acestea sunt ameninţate şi de poluare care, din perspectiva informaţiilor deţinute de Comisia Europeana, este efectul direct al deversărilor cauzate de lipsa unei infrastructuri şi legislaţii potrivite. Legat de consum, cele mai importante probleme sunt iniţiativele economice reduse în direcţia promovării folosirii sustenabile a apei şi lipsa unui plan de comunicare despre resursele de apă, coerent.
Pentru îndeplinirea obiectivului Directivei Cadru privind Apa, acela de a avea la nivelul anului 2015 o bună calitate a apei, Proiectul pentru protejarea resurselor de apă ale Europei stabileşte 3 directive strategice. Prima se referă la îmbunătăţirea modului de implementare a politicii de apă europene prin folosirea oportunităţilor oferite de legislaţia actuală. A doua ia în calcul creşterea nivelului de integrare a obiectivelor politicii de apă în politicile altor arii relevante precum: agricultura, piscicultura, energia recuperabila, transportul şi Fondurile Coezive şi Structurale. iar cea de-a treia se referă la umplerea golurilor existente în cadrul actual, în mod particular, în relaţia cu instrumentele necesare imbunătăţirii folosirii eficiente a apei.