Conform ANR, prin reorganizarea activității pe toate componentele sale (direcţii, servicii şi departamente) se urmărește eficientizarea activității astfel încât să se asigure furnizarea unor servicii de calitate în domeniul navigației civile, creşterea exigenţei și a gradului de profesionalism în activitatea curentă și asigurarea unui management intern mai funcțional și mai flexibil.
Principalele modificări aduse în structura ANR central constau în reorganizarea structurii pe două  direcții principale, Direcția Siguranța Navigației, având în vedere atribuția de bază a instituției, și Direcția Tehnică, care reunește componentele tehnice ale activității ANR, privind inspecțiile tehnice și certificarea tehnică a navelor, în strânsă corelare cu activitățile legate de sistemul informatic şi de comunicaţii al instituţiei.
Optimizarea activităților desfășurate de Serviciului Informatică a avut în vedere perspectiva finalizării în viitorul apropiat a 2 proiecte importante derulate din fonduri europene, Proiectul RORIS și Proiectul privind Monitorizarea și eficientizarea fluxurilor de lucru și de documente în cadrul ANR. Noua structură răspunde necesităților organizatorice interne de eficientizarea a fluxului informațional, atât extern (organizații internaționale europene, regionale, etc), cât și intern – aferent organelor teritoriale operative și instituțiilor cu care ANR cooperează. Necesitatea reorganizării acestei structuri este dată de faptul că rețeaua de comunicații și transmisii de date a ANR s-a dezvoltat foarte mult în ultimii ani, iar în perspectivă va fi necesară extinderea odată cu implementarea proiectelor RORIS, Managementul fluxului de lucru și a documentelor, implementarea telefoniei IP, dezvoltarea SafeSeaNet în contextul implementării Directivei FAL.
Raportat la solicitările și cerințele actuale ale domeniului navigației civile și la faptul că numărul furnizorilor de educație în domeniul navigației este în continuă creștere, a apărut necesitatea monitorizării permanente a acestora, în scopul reducerii numărului de nonconformități, a creșterii gradului de promovabilitate și a îmbunătățirii rezultatelor la examenele organizate de ANR, astfel încât să se asigure o poziționare superioară a personalului navigant român pe piața forței de muncă europeană și internațională. În aceste condiții, s-a impus o reconsiderare a politicii ANR, pentru asigurarea unui proces obiectiv, transparent și independent, prin înființarea Serviciului Monitorizare Furnizori de Educație în subordonarea directă a directorului general, care să răspundă acestor necesități.
În ceea ce privește reorganizarea fostelor căpitănii zonale, s-a avut în vedere reducerea birocrației, controlul eficient al activității din zonele de jurisdicție aferente, eficientizarea managementului intern și a proceselor decizionale, monitorizarea în timp real a traficului de nave, siguranța navigației și prevenirea poluării prin exploatarea și gestionarea cu maximă eficiență a sistemelor de management al traficului de nave și de monitorizare implementate în ultimii ani în cadrul ANR.
Astfel, Departamentul Căpitănii Maritime include acum căpităniile de port Mangalia, Midia,  și Constanţa, precum şi căpităniile de port de la Cernavodă la Constanţa. Departamentul Căpitănii Dunărea Maritimă include căpităniile de la Sulina până la Brăila, iar Departamentul Căpitănii Dunărea Fluvială include căpităniile de port de la Brăila până la Orșova.
Actuala organizare a organelor teritoriale operative corespunde astfel zonelor de jurisdicție ale administrațiilor portuare și de căi navigabile naționale, autorităților cu atribuții similare ale țărilor riverane și va conduce la facilitarea unei mai bune cooperări și colaborări cu acestea, la reducerea costurilor administrative ale activităților ANR, precum și la asigurarea unei aplicări unitare a tarifelor practicate funcție de specificul traficului (maritim și fluvial).
De asemenea, pentru a răspunde mai bine cerințelor industriei de transport maritim și pe căi navigabile interioare, pentru un mai bun control al activității de examinare a personalului navigant și asigurării independenței și obiectivității personalului acestei activități, Serviciul Examinare Personal Navigant a trecut în directa subordine a directorului general.
Direcția Juridică s-a înființat din necesitatea coordonării eficiente a activităților juridice, a managementului intern și a resurselor umane, motivat de faptul că legislaţia specifică în domeniu este în continuă adaptare, impusă de realităţile economice şi sociale şi de legislaţia europeană.
Serviciile componente ale Centrului Maritim de Coordonare, ca direcţie şi verigă intermediară de decizie și comunicare, se reorganizează prin trecerea în subordinea directă a directorului general  ca servicii distincte, în scopul eficientizării acțiunilor specifice sistemului prin coordonarea acestora la vârf, optimizării informaționale și luării deciziilor în cazul intervențiilor de necesitate, având în vedere că, în situații de urgență, este necesară o comunicare mai eficientă și luarea de decizii rapide pentru intervenție și răspuns.