Curtea de Conturi a constatat că Schema de plată unică (SPU)  a contribuit la îndeplinirea a două dintre obiectivele principale ale Politicii Agricole Comune: încurajarea unei mai bune adaptări a activităţii fermierilor la cererea pieţei şi promovarea unor practici agricole de natură să protejeze mediu, se arată într-un comunicat al Comisiei Europene.
Concluzia de ansamblu a auditului este însă aceea că modul de implementare a schemei a generat o serie de aspecte discutabile:
• modul în care definiţia beneficiarilor schemei a fost formulată şi, ulterior, aplicată, permite ca persoane sau entităţi fără nicio activitate agricolă sau cu activităţi agricole neglijabile să beneficieze de plăţi în cadrul SPU. Curtea a identificat o serie de cazuri în care modul de funcţionare a sistemului a încurajat realizarea de investiţii de către operatori care nu sunt, de fapt, interesaţi de activitatea agricolă propriu-zisă, dar care doresc să beneficieze de veniturile sigure care pot fi obţinute în cadrul SPU;
• în anumite state membre, intrarea noilor fermieri în activitatea agricolă este adesea blocată de condiţiile actuale de acces la drepturile la plată (condiţii care pot necesita efectuarea de investiţii substanţiale);
• conceptul de teren eligibil pentru sprijin UE şi de activitate agricolă eligibilă este definit în termeni generali. În consecinţă, fermierii pot beneficia de plăţi fără să aibă obligaţia de a desfăşura nicio activitate de întreţinere şi nu există o corelaţie directă între nivelul ajutorului acordat prin SPU şi costurile suportate pentru menţinerea terenurilor în bune condiţii agricole şi de mediu;
• în prezent, pe teritoriul UE sunt aplicate aproximativ 20 de variante diferite ale schemei de plată unică. În cadrul variantei principale (modelul istoric), valoarea ajutorului acordat se calculează pe baza sumelor primite de fermieri în perioada 2000-2002. În timp, plăţile au devenit din ce în ce mai puţin corelate cu situaţia curentă a activităţii agricole din diferitele regiuni;
• Cea mai mare parte a fondurilor SPU ajung la un număr redus de beneficiari, care au dimensiuni mari.
Pe baza constatărilor şi a concluziilor sale, Curtea de Conturi Europeană a formulat o serie de recomandări în atenţia Comisiei, printre care: direcţionarea sprijinului către fermierii „activi” şi definirea mai clară a terenurilor eligibile şi a activităţilor agricole eligibile, pentru a putea exclude activităţile care nu duc la creşterea productivităţii agricole, precum şi parcelele care nu sunt utilizate pentru activităţi agricole.
Curtea recomandă, de asemenea, luarea în considerare a costului activităţilor care contribuie în mod pozitiv la protecţia mediului sau la ameliorarea situaţiei de mediu.
Nu în cele din urmă, Curtea recomandă ca valoarea drepturilor la plată să aibă la bază situaţia curentă a activităţii agricole din diferitele regiuni ale UE şi să se aibă în vedere asigurarea unei repartiţii mai echilibrate a ajutoarelor SPU între fermieri.
SPU este în prezent aplicat în 17 din cele 27 de state membre ale Uniunii, iar cheltuielile aferente acestei scheme s-au ridicat la aproximativ 28,8 miliarde de euro în 2009.