Principala sa sarcină va consta în asigurarea funcționării Sistemului de Informații privind Vizele (VIS) și a sistemului Eurodac 24 de ore din 24, șapte zile din șapte. Agenția urmează să devină complet operațională în decembrie 2012.
„Așteptările sunt ridicate, iar sarcinile sunt multiple”, a declarat comisarul Cecilia Malmström. „Această agenție trebuie să devină rapid centrul de excelență pe care ni-l dorim cu toții, capabil să identifice cele mai promițătoare evoluții tehnologice și modalitățile de aplicare a acestora și să asigure o cooperare strânsă cu părțile interesate.”
Începând din 2013, agenția va gestiona și Sistemul de Informații Schengen de a doua generație (SIS II). În plus, aceasta va fi responsabilă de aspectele legate de securitatea acestor sisteme, de anumite aspecte legate de infrastructura de comunicații și de diverse activități cum ar fi monitorizarea, raportarea, întocmirea de statistici și organizarea de cursuri pentru autoritățile naționale.
Un alt obiectiv-cheie al agenției, deosebit de important în contextul actualei crize economice, va fi căutarea activă și propunerea de soluții eficiente din punctul de vedere al costurilor pentru totalitatea operațiunilor pe care le desfășoară.
După perioada de început, agenția va dobândi treptat tot mai multe competențe și know-how, pentru a deveni în cele din urmă un centru de excelență pentru dezvoltarea și gestionarea sistemelor informatice în bandă largă în spațiul de libertate, securitate și justiție, asigurând folosirea celor mai bune procese și tehnologii disponibile. Este posibil ca, în viitor, agenția să fie invitată să dezvolte și, mai apoi, să gestioneze alte sisteme informatice în acest domeniu de politică.