Înregistrarea inițiativelor este un element pregătitor important în cadrul acestui proces. Cererile trebuie depuse de un comitet al cetățenilor compus din cel puțin șapte cetățeni ai UE care își au reședința în cel puțin șapte state membre diferite ale Uniunii.
Odată ce a fost înregistrată cererea, Comitetul are la dispoziție 12 luni pentru colectarea declarațiilor de susținere necesare din cel puțin șapte state membre. Pentru a fi contabilizat ca făcând parte din cele șapte state membre s-a stabilit ca pragul de susținători necesar să fie egal numărului de membri ai Parlamentului European ai statului membru respectiv înmulțit cu 750. Orice cetățean având vârsta de vot necesară participării la alegerile pentru Parlamentul European (în prezent de 18 ani în toate statele membre, cu excepția Austriei, în care este de 16 ani) poate susține o inițiativă.
Numărul declarațiilor de susținere trebuie să fie certificat de către autoritățile competente din statele membre. Comisia va avea apoi la dispoziție trei luni pentru a analiza inițiativa și a decide cum să procedeze în privința acesteia. De asemenea, Comisia va organiza reuniuni cu organizatorii, în care aceștia să poată explica în detaliu problemele ridicate în cadrul inițiativei lor. Organizatorii vor avea, de asemenea, posibilitatea de a-și prezenta inițiativa în cadrul unei audieri publice organizate la Parlamentul European.
Comisia va adopta o comunicare în care va explica concluziile sale privind inițiativa, acțiunile pe care intenționează să le întreprindă, dacă este cazul, și motivarea acesteia.
Comisia Europeană a depus eforturi deosebite pentru ca procesul să fie cât mai simplu posibil pentru cetățeni, instituind, în același timp, garanțiile necesare pentru ca inițiativele care sunt în mod evident abuzive, lipsite de seriozitate, vexatorii, contrare valorilor europene sau în afara sferei competențelor Comisiei să nu fie înregistrate. De asemenea, au fost luate măsuri în vederea asigurării unei protecții adecvate a datelor persoanelor care susțin inițiativele.
Vicepreședintele Šefčovič a afirmat: „Europenii vor putea în cele din urmă să lanseze inițiative cetățenești prin solicitarea înregistrării acestora pe site-ul internet al Comisiei. Această acțiune reprezintă un avans fără precedent al democrației participative. Este un instrument puternic, aflat la dispoziția cetățenilor, de stabilire a unui program de lucru. Sper că inițiativele vor încuraja, de asemenea, dezvoltarea unui veritabil „demos” european, în măsura în care cetățenii își unesc eforturile la nivel transfrontalier pentru a dezbate aspecte care sunt importante pentru ei toți.”