După controalele efectuate, instituţiile româneşti responsabile – respectiv autorităţile de management şi autoritatea de audit – au aplicat o serie de corecţii, dar Comisia Europeană a solicitat şi aplicarea unor corecţii financiare suplimentare cu caracter preventiv până la finalizarea procedurii de conciliere. Corecţiile suplimentare nu sunt definitive, ci reprezintă un mecanism de protecţie iniţială care să acopere eventuale probleme. Ulterior, dacă nu se constată nereguli, sume echivalente cu valoarea corecţiilor vor putea fi rambursate de Comisia Europeană.
Aceste corecţii se aplică la nivel de program, iar cuantumul acestora este de 10% pentru Programul Operaţional Sectorial Transport (POS-T), Programul Operaţional Regional (POR) şi Programul Operaţional Sectorial Creşterea Competitivităţii Economice (POS CCE). În cazul Programului Operaţional Sectorial Mediu (POS Mediu), corecţia preventivă este de 25%. Procentele se aplică sumelor a căror rambursare urma să fie solicitată după deblocarea procesului de transmitere la Comisia Europeană a declaraţiilor de cheltuieli, precum şi sumelor care au fost aprobate de Comisia Europeană din 1 ianuarie 2007 şi până în prezent.
Această hotărâre vine la numai câteva zile după ce, la 15 decembrie 2011, Comisia Europeană a comunicat reluarea rambursării de plăţi pentru Programul Operaţional Regional (POR), axa prioritară 2, „Îmbunătăţirea infrastructurii de transport regionale şi locale", care fuseseră sistate în iunie 2011.
„Este un lucru pozitiv faptul că se pot relua plăţile de la Comisia Europeană înainte de sfârşitului anului 2011 pentru toate programele operaţionale”, a declarat ministrul afacerilor europene Leonard Orban, reamintind că aceasta a fost prioritatea sa majoră asumată la preluarea mandatului. „Este adevărat că reluarea plăţilor se va face în anumite condiţii conform cărora vom putea transmite Comisiei Europene cereri de rambursare în valoare sensibil mai mică decât cea preconizată anterior, dar important este că reluarea procesului va permite o creştere semnificativă  a ratei de absorbţie a fondurilor structurale şi de coeziune în 2012”.
Plăţile intermediare rambursate de Comisia Europeană până la 30 noiembrie 2011 însumează, pe toate programele operaţionale, aproximativ 716 milioane de euro, ceea ce corespunde unei rate de absorbţie de 3,72% din totalul fondurilor alocate României pentru intervalul 2007-2013.
În cursul acestei săptămâni, vor fi transmise la Comisia Europeană cereri de rambursare totalizând aproximativ 340 de milioane de euro, sume care se adaugă celor transmise deja vineri, 16 decembrie 2011, pentru axa prioritară 2 din Programul Operaţional Regional.
Reamintim faptul că, din cauza unor nereguli constatate în cursul unui control anual pe zona de achiziţii publice, Comisia Europeană a întrerupt rambursările pentru axa prioritară 2 din Programul Operaţional Regional începând cu data de 11 iunie 2011.
În iulie 2011, partea română a decis să suspende transmiterea declaraţiilor de cheltuieli spre rambursare către Comisia Europeană pentru toate programele operaţionale, până la oferirea unor argumente suficiente privind legalitatea şi corectitudinea sistemului de verificare, management şi control a achiziţiilor publice. Această hotărâre a fost luată de autorităţile române întrucât semnale privind suspiciuni de nereguli în domeniul achiziţiilor publice au fost identificate şi pe alte programe operaţionale.  
Ulterior, la sfârşitul lunii iulie 2011, Comisia Europeană a cerut părţii române să îndeplinească o serie de condiţionalităţi la nivelul sistemului de management şi control care să ofere garanţii suficiente privind credibilitatea acestuia.
La 31 octombrie 2011, Ministerul Afacerilor Europene a transmis Comisiei Europene informaţiile referitoare la îndeplinirea condiţiilor pentru reluarea rambursărilor de plăţi de la Comisia Europeană pentru proiectele finanţate din instrumentele structurale. Datele furnizate atestau atât remedierea de către partea română a problemelor identificate de auditorii CE în sistemul de achiziţii publice, cât şi reverificarea achiziţiilor publice din proiectele deja derulate.
La 15 decembrie 2011, Comisia Europeană a comunicat reluarea rambursării de plăţi pentru Programul Operaţional Regional (POR), axa prioritară 2, „Îmbunătăţirea infrastructurii de transport regionale şi locale".